“鬼船”入港，上司為明哲保身而欲以“水匪之亂”草草結案，狄仁傑卻隱隱覺得事情蹊蹺。大典在即，長安城人心惶惶，皇後命大理寺座沈銘三日之內結案，沈銘隻好將破案壓力給到狄仁傑。督水監長官冷霽月也加入其中，在案發“鬼船”上又遇見舊識段言。此三人前往長安情報中心“下城”，獲得情報。一路探究，連翻長安地下兩大勢力終於找到秘密所藏之處——雲窟。狄仁傑等人進去古陵雲窟，連破機關陷阱，陷入絕境之中，狄仁傑依靠土層辨識找到出路，終於突破陽墓找到懷王與大月之遺族飼養龍鼇的陰墓。真相漸漸浮出水麵，大典在即，各股黑暗勢力伺機而動，而狄仁傑早已明察秋毫布下天羅地網……